与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
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金豪启动“许愿树”失败后并没有善罢甘休，暴躁升级的他发誓要卷土重来，并加大力度搜集神奇宝物。为达目的，金豪设计用神奇宝物“记忆葫芦”，抹去熊大熊二的记忆，并蛊惑他们视光头强为敌，指使他们前往光头强家搜寻乾坤袋。光头强得知真相后，联合森林动物们展开救援，终于帮熊大熊二恢复记忆。而熊强组合也再度联手，肩负起保护宝物的责任，与金豪展开激烈抗衡。随着不断升级的争斗，大批神奇宝物涌现，让金豪愈加疯狂。而他的手下为抢功也不停捣乱、抢夺，甚至对宝物也是虎视眈眈。宁静的狗熊岭，注定将在这场宝物争夺的风暴中，陷入漫长而动荡的不安岁月……
“这是认错人了……不对，是认错僵尸了。” 距离那场导致九成人类感染身亡的神秘传染病爆发的「猩红之日」，已经过去了十三年。 幸存的人们远离城市，在与世隔绝的村落里度日。 生长在新时代的少女亚纪对世界毁灭前的记忆一片空白，为了寻找早年离开村子的父亲，她和青梅竹马的夏树、春一同逃出了村落。 踏出村子后，放眼望去遍地都是僵尸。 可即便如此，人生中第一次感受到的「外界」，却如此辽阔、鲜活，又充满美好。 途中结识的悠与樱也加入了队伍，少年少女们这场残酷却又满是欢乐的全新冒险，就此开启——
曾以无名奴隶之身受尽欺凌的黑猫族少女芙兰，与一柄拥有自我意识的剑——「师傅」相遇，成为了它的持有者。 加入要塞都市艾蕾萨的冒险者公会后，芙兰接连完成各类委托，以冒险者的身份声名鹊起。 芙兰以抵达力量极致的「进化」为目标。 一心想帮她实现心愿的师傅，将下一站目的地定为港口城镇达兹。 赶路途中，师傅与芙兰发现了悬浮于天际的「浮游岛」，还结识了立志彻底攻略浮游岛的死灵术师让恩・杜比。 二人接受了他的委托，决定一同挑战浮游岛上的迷宫，可事态却并未如预想般顺利…… 那里竟是一座死灵魔兽横行、凶险万分的死亡迷宫！ 猫耳少女与女儿奴魔剑的全新冒险，就此正式开启！
大魔王吕树从青州遗迹归来，进京述职，等待着他的是全新的境外冒险，与天罗地网组织一道，吕树先后前往泰国和日本开始全新修行之旅。
