自从合体机器人“丹帝拜恩”击退神秘敌人“暗波斯多”以来，已经过了20年。 世界虽然恢复了和平，但曾因将丹帝拜恩玩具化而风靡一时的“玩具制造商·凯斯加”，却因过度依赖丹帝拜恩，导致公司经营状况每况愈下。 凯斯加的社长“静寂弦十郎”甚至期盼着不惜打破和平也要让丹帝拜恩复活。 或许是上天听到了他的愿望，暗波斯多再次现身于东京。 沉浸在20年无忧无虑和平岁月中的人们陷入了极大的恐慌。 在众人仓皇逃窜之时，高中生“静寂戟刃”在曾经担任主驾驶员的叔叔“黑岩勇作”的邀请下，坐进了丹帝拜恩。 究竟，再次现身的暗波斯多有什么目的？ 凯斯加能否再次夺得玩具业界的霸权？ 崭新的战斗即将拉开帷幕！
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与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
“这是认错人了……不对，是认错僵尸了。” 距离那场导致九成人类感染身亡的神秘传染病爆发的「猩红之日」，已经过去了十三年。 幸存的人们远离城市，在与世隔绝的村落里度日。 生长在新时代的少女亚纪对世界毁灭前的记忆一片空白，为了寻找早年离开村子的父亲，她和青梅竹马的夏树、春一同逃出了村落。 踏出村子后，放眼望去遍地都是僵尸。 可即便如此，人生中第一次感受到的「外界」，却如此辽阔、鲜活，又充满美好。 途中结识的悠与樱也加入了队伍，少年少女们这场残酷却又满是欢乐的全新冒险，就此开启——
金豪启动“许愿树”失败后并没有善罢甘休，暴躁升级的他发誓要卷土重来，并加大力度搜集神奇宝物。为达目的，金豪设计用神奇宝物“记忆葫芦”，抹去熊大熊二的记忆，并蛊惑他们视光头强为敌，指使他们前往光头强家搜寻乾坤袋。光头强得知真相后，联合森林动物们展开救援，终于帮熊大熊二恢复记忆。而熊强组合也再度联手，肩负起保护宝物的责任，与金豪展开激烈抗衡。随着不断升级的争斗，大批神奇宝物涌现，让金豪愈加疯狂。而他的手下为抢功也不停捣乱、抢夺，甚至对宝物也是虎视眈眈。宁静的狗熊岭，注定将在这场宝物争夺的风暴中，陷入漫长而动荡的不安岁月……
万仙宗小师叔李岚为渡成圣情劫，下山寻一个泼辣到让他痛不欲生的女子，却被卷入金钱阁与域外天魔的纷争。他与金元宝从互坑互怼到生死与共，联手挫败天魔皇降临沧澜界的阴谋。决战中金元宝为护他魂飞魄散，李岚痛彻心扉，情劫圆满、一步太乙金仙，斩天魔皇并踏上飞升天界寻秘宝救回金元宝的新征途。
