工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
自从合体机器人“丹帝拜恩”击退神秘敌人“暗波斯多”以来，已经过了20年。 世界虽然恢复了和平，但曾因将丹帝拜恩玩具化而风靡一时的“玩具制造商·凯斯加”，却因过度依赖丹帝拜恩，导致公司经营状况每况愈下。 凯斯加的社长“静寂弦十郎”甚至期盼着不惜打破和平也要让丹帝拜恩复活。 或许是上天听到了他的愿望，暗波斯多再次现身于东京。 沉浸在20年无忧无虑和平岁月中的人们陷入了极大的恐慌。 在众人仓皇逃窜之时，高中生“静寂戟刃”在曾经担任主驾驶员的叔叔“黑岩勇作”的邀请下，坐进了丹帝拜恩。 究竟，再次现身的暗波斯多有什么目的？ 凯斯加能否再次夺得玩具业界的霸权？ 崭新的战斗即将拉开帷幕！
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